1. Niemandsland

Nachdem sie die Menschen von Atlantis mit einem Trick dazu gebracht haben, die Position von der Erde zu verraten, nehmen zwei Wraith-Schiffe Kurs auf die Erde. Dr. McKay und Ronon die sich auf eine der Schiffe befinden werden gefangen genommen.

2. Ein schlechter Plan

Nach der Übernahme eines der Wraith-Basisschiffe muss das Atlantis-Team über das Schicksal von 200 Wraith entscheiden, die sich vorübergehend in Menschen verwandelt haben. Währenddessen erfährt Dr. Weir, dass ihre Arbeit von Richard Woolsey und dem IOA überprüft wird.

3. Der Zaubertrank

Ein scheinbar freundlich gesinnter Bäcker eines anderen Planeten zieht das Atlantis-Team mit einer Substanz, die das Bewusstsein manipulierrt, in seinen Bann. Sheppard muss die Wirkung dieses chemischen Gemischs untergraben, um den Rest des Teams zu retten.

4. Sateda

Als Sheppard, Teyla und Ronon in ein Dorf gelangen, in dem Ronon einst lebte, werden sie attckiert. Es stellt sich heraus, dass Ronon ein Chip implantiert worden war, so dass die Wraith ihn verfolgen konnten und sein vorheriger Aufenthalt zu einem brutalen Angriff der Wraith führte.

5. Der Bruderstreit

Gemeinsam mit Dr.Weir entdeckt Sheppards Team eine technologisch hochentwickelte Stadt, deren Einwohner in der Vergangenheit  offensichtlich etwas mit Atlantis zu tun hatten. Doch während sie hofften, mit ihnen eine Koalition zu schließen gegen die Wraith bilden zu können, plant der Anführer der Stadt, Atlantis zu zerstören.

6. Atlantis Ruft

Zurück auf der Erde erwacht Dr.Weir und findet sich in einer psychatrischen Klinik nahe Washington D.C. wieder. Es kommt noch schlimmer: Sie erfährt, dass ihr Freund bei einem Autounfall getötet wurde und dass ihr Erlebnis der gesamten Atlantis-Expedition reine Halluzination war.

7. Ein Ungewöhnlicher Verbündeter

Sheppard wird von einer kleinen Geniigruppe entführt und zu einem fremden Planten gebracht, wo er von seinem Alten Feind Kolya gefangen gehalten wird. Nur indem er eine merkwürdige Allianz mit einem Wraith, der ebenfalls gefangen gehalten wird, eingeht, hat Sheppard Aussicht darauf, lebend zu entkommen.

8. Der Doppelte Rodney

Rodneys ihm entfremdete Schwester, die Mathematikerin Jeanie, kommt nach Atlantis. Ihre Befürchtung in Bezug auf die Auswirkung eines Experimentes auf ein Paralleluniversum bewahrheiten sich, und ein Doppelgänger von Dr.McKay aus diesem Paralleluniversum trifft ein, um das Team zu bitten, die Tests abzubrechen - wenn sie nicht riskieren wollen, seine Welt zu zerstören.

9. Phantome

Nachdem das Team bei einer Außenmission die grausige Enrdeckung macht, dass Major Leonard seine eigenen Männer getötet ha, da sie alle von einem Gerät hervorgerufende Halluzinationen hatten, beginnt dieses auch in Sheppards Team Halluzinationen auszulösen, so dasssie einander als Feinde sehen...

10. Die Rückkehr Teil 1

Als McKay, sheppard und die anderen ein Kriegschiff der Aurora-Klasse namens Tria entdecken, in dem sich Antiker befinden, sind sie begeistert. Doch mit der Rückkehr der Antiker nach Atlantis wird den Menschen befohlen zu wiechen, was die vier guten Freunde dazu zwingt, getrennte Wege zu gehen...

11. Die Rückkehr Teil 2

Bridget General Jack O`Neill und Richard Woolsey halten sich vor den replikatoren versteckt die Atlantis übernommen unddie Antiker getötet haben. Aber ihre Hoffnungen zu entkommen steigen, als Sheppards Team von der attacke erfährt und gegen die Befehle versucht, die Kontrolle über die Stadt zurückzuerlangen...

12. Die Warnung

Als die Wale des Planeten sich um Atlantis versammeln, haben die Einwohner von Atlantis Visionen von Antiker...

13. Kolyas Ende

Als das team einem Gerücht über einen unbesiegbaren Helden nachgeht, stellen sie fest, dass es sich um Lucius Lavin mit seinen alten Tricks handelt. Anstatt einen Superhelden zugegnen, finden sie sich in einem Kampf mit Kolya und seinen Männer...

14. Rodneys Tao

Vom Strahl eines geheimnisvollen Geräts getroffen, das den Antikern entwickelt wurde, entwickelt Rodney übermenschliche Fähigkeiten. Doch die Dinge sind nicht so, wie sie scheinen, und Rodney und das Team müssen sich beeilen, um Rodney vor dem Tod zu bewahren...

15. Das Spiel

Ein Simulations-Spiel, das McKay und Sheppard entedckt haben,stellt sich als wirklich heraus, und nun müssen sie ihrenWettkampf beiseite lassen oder die Konsequenzen
dafür tragen, dass sie unbeabsichtligt einen blutigen Krieg dirigiert haben...