1/2. Aufbruch in eine neue Welt

Auf ihrer ständigen Suche nach der Verlorenen Stadt der Antiker entdeckt das Stargate Commando eine neue Galaxie voller Abenteuer - die legendäre Stadt Atlantis. Hier findet das Team neue Technologien, neue Verbündete und einen grausamen neuen Feind. Während die Forscher immer neue Entdeckungen machen, stellen sie sehr bald fest, dass nicht genügend Energie zur Heimreise übrig ist - und aus ihrem Ausflug nach Atlantis wird mehr als nur ein Besuch ...

3. Dunkle Schatten

Dr. McKays DNA wird dem genetischen Code der Antiker angepasst, sodass er die in Atlantis überall vorhandene Technologie der Antiker nutzen kann. Bald stellt sich jedoch heraus, dass er keine Nahrung zu sich nehmen kann! Inzwischen setzt eines der Kinder der Athosianer beim Spielen versehentlich eine dunkle Macht frei - und als sich die technischen Störungen häufen, besteht kein Zwefel mehr, dass sich die Schattengestalt von den Energiequellen der Stadt ernährt ...

4. 38 Minuten

Um einem Hinterhalt der Wraith zu entkommen, flieht das Atlantis-Team im Puddle Jumper in Richtung Sternentor, der jedoch,  wegen eines Defektes am Schiff, stecken bleibt. Dem Team bleiben nur 38 Minuten bis sich das Stargate schließt. Der Gleiter, dessen vorderer Teil sich bereits dematerialisiert hat, droht in zwei Stücke zu zerreißen! Außerdem hat sich eine Weltraumzecke an Major Sheppards Hals verbissen ...

5. Unter Verdacht

Als das Atlantis-Team während eines Ausflugs in fremde Welten von den Wraith überfallen wird, vermutet Dr. Wreir, dass einer der Athosianer ein Wraith-Spion sein muss. Trotz des Protestes von Teyla  und Sheppard setzt sie die Anthosianer auf der Südseite von Atlantis fest und verhört sie. Der zunehemende anklagende Ton ihrer Verhöhrung führt jedoch zu wachsenden Spannungen und einem Massenexodus der Ahtosianer aus der Stadt.

6. Selbstopfer

Das Team entdeckt einen primitiven Stamm von Waldmenschen, der seit Jahrhundertzen unbehelligt von den Wraith lebt. Von dem Magnetfeld, das es schützt, weiß dieses Volk nichts. Es glaubt vielmehr, dass ein ritueller Selbstmord im Alter von 25 Jahrendie Wraith fernhält. Obwohl Sheppard versucht, die jungen Leute von deisem Ritual abzubringen, werden die  
Dorf-"Ältesten" unruhig und befürchten, dass "Ausgewachsene" in ihrer Mitte die Wraith anlocken könnten.

7. Tödliche Verteidigung

Das Team wählt eine neue Stargate-Adresse an und trifft auf die Hoffaner, eine menschliche Zivilisation, die einen Impfstoff zum Schutz gegen die Wraith entwickelt hat. Als die Hoffaner erfahren, dass die Wraith durch das Atlantis-Team wieder erwacht sind, werden ihre Anführer unruhig und wollenihr Volk impfen, noch bevor die Nebenwirkungen des Serums erforscht sind. Dr. Becket ist entsetzt. Kann er die Hoffaner rechtzeitig zur Einsicht bringen.